Побережье Западной Норвегии с древних времён населяли племена древних скандинавов, что подтверждают археологические находки – могильники конунгов, датируемые V веком, а также остатки жилых дворов и королевского поместья у склона горы Ульрикен. Первое поселение в районе нынешнего Бергена носило название Фагерсвик (Хассельвиг) и упоминается в саге Х века, которая повествует о том, что конунгу Аделстену мудрец предсказал появление в этом краю города, т.к. «услышал» здесь множество голосов людей, беседующих друг с другом.
Берген был основан в 1070 году королём Олафом Кюрре и в 1970 году пышно отметил свой 900-летний юбилей. Первоначальное название города – Бьоргвин, что в переводе означает «луг между холмами». 26 лет правления Олафа III Тихого заложили основу будущего процветания города, удачно расположенного в судоходном заливе Вестланна. Основой экономической деятельности в ХII веке были импорт зерна и торговля вяленой треской. Берген был столицей Норвегии до 1299 года, когда Осло стало королевской резиденцией для Хокона V Магнуссона.
К концу ХIII века Берген – один из крупных и городов, имеющих большой вес в Союзе Ганзы. Рост населённого пункта происходил в основном за счёт иноземцев. Так, например, фризские и германские торговцы основали здесь свой собственный район, в котором говорили на своих родных языках – фризском и нижненемецком. Они пользовались привилегированными правами в торговле с рыбаками с северного побережья, которые каждое лето на своих судах прибывали в Берген.
В 1349 году в городе свирепствовала бубонная чума, завезенная в Норвегию экипажем одного английского корабля, пришвартовавшегося в Бергене. В течение XV века на город много раз нападали пираты, а в 1429 году им удалось сжечь королевский замок и большую часть города. Некоторые источники утверждают, что сделано это было по наущению конкурирующих купцов из Ганзы. В 1536 году король обязал фризских и немецких купцов принять норвежское гражданство, в противном случае пригрозил выдворить их из страны, с этого времени немецкое влияние в городе пошло на убыль.
В 1665 году у морских ворот города разыгралось кровавое Вогенское сражение между английскими кораблями – с одной стороны, и голландскими кораблями, поддерживаемыми городскими властями, – с другой. В течение XV и XVI веков. Берген превращается в главный город Норвегии и оставался таковым до 1850 года, когда первенство перешло к Осло. Берген удерживал свою монополию в торговле с Северной Норвегией до 1789 года, несмотря на разрушительный пожар 1702 года, когда город выгорел почти дотла. Следующий крупный пожар произошёл в 1916 году.
9 апреля 1940 года, в первый же день нападения Германии, после короткой перестрелки немецких кораблей и береговой норвежской артиллерией Берген был занят германскими войсками. 20 апреля 1944 года, в период оккупации, голландское грузовое судно «Voorbode», стоявшее на якоре рядом с крепостью Бергенхус и нагруженное 120 тоннами взрывчатки, взорвалось, убив примерно 150 человек и ранив несколько тысяч. Многим историческим зданиям был нанесён существенный ущерб. Также город сильно пострадал от бомбардировки воздушных сил союзников, пытавшихся уничтожить с воздуха морские немецкие укрепления в порту.
В 1972 году Берген включил в городскую черту соседние земли (Арна, Фана, Лаксевог и Осане), упразднив их провинциальный статус. Сегодняшний Берген – крупный торговый и университетский город, столица фюльке Хордаланн, центр нефтяной промышленности и крупный порт.